農業面源污染已成為三亞環境的主要污染源之一。三亞將開展畜禽及水產養殖污染治理和種植業面源污染治理，計劃到2018年，實現推廣測土配方施肥技術30萬畝次，水稻秸稈還田技術15萬畝次，推廣應用商品有機肥3萬畝次，廢舊農膜和農藥包裝物回收75%以上。
根據計劃，三亞將全面篩選和推廣低毒、低殘留農藥，開展農作物病蟲害綠色防控和統防統治；大力推廣測土配方施肥技術，實施秸稈還田，推進增施有機肥；針對主要農業集中種植區，建設生態溝渠、污水凈化槽、地表徑流集蓄池等設施，凈化農田排水及種植區地表徑流；加強種植業農藥包裝和農膜廢棄物回收，推廣易降解農膜產品。
畜禽及水產養殖污染治理方面，三亞將劃定養殖禁養區、限養區和適養區，依法關閉和搬遷禁養區或限養區內畜禽養殖場（小區）；對于污水直排河（湖）的畜禽養殖場依法予以取締；加強對現有規?；B殖場（小區）糞污污水貯存、處理、資源化利用設施建設，保障養殖廢水達標排放或資源化利用；建設有機肥廠，消納分散的中小型畜禽養殖場糞便。到2018年，治理范圍內的規?；笄蒺B殖場廢水或廢棄物基本實現達標排放或資源化利用。
此外，三亞將依法取締海岸帶違法建設的水產養殖場；對不具備環保改造條件的養殖場堅決退出；對連片、集中養殖場，按區域制定整治方案，建設集中供排水及污染處理設施；積極推進水產養殖池塘標準化改造，完善水產養殖環保設施；強化水產養殖業執法監管，嚴格查處未達標排放養殖廢水、違法違規用藥等行為。
