這就面臨著新建或改建的豬舍與排氣凈化設備有機結合的問題，合理的設計對設備投資和運行的影響非常重要。但就目前我國的現狀來說，在原有豬舍基礎上增設排氣凈化設備的最大問題是設備投資和設備運行的成本過高的問題。而這些問題的根源是目前國內的飼養模式和通風氣流組織。
對排氣處理設備而言，其和處理水污染物的設備的運行過程一樣，就是排放物的總量越大、排放物里污染物濃度越高，設備投資就越大，運行成本就越高。不恰當的飼喂方法和現有的通風模式是造成目前已建成豬舍排放氣體總量過大和濃度過高的主要原因。
不恰當的飼喂方式主要是指飼料中高蛋白高營養物質配方，飼料利用率低，導致未消化的養分大量過腹排放，而未消化的飼料營養成分是形成豬舍產生大量臭氣的直接誘因。最近國家相關部門及飼料行業協會等組織提出的低蛋白配方飼料措施，今后相信這方面問題影響的因素會逐漸減少。
而通風模式的問題就要復雜的多。對豬舍而言，我國目前大部分豬舍的采用是聯合通風模式，即冬季最小通風、春秋過渡通風、夏季縱向通風的結合應用。這種通風模式是自上世紀90年代從美國開始使用，到國內又經過國內技術人員長期不斷完善，成為一種技術成熟，應用普遍的通風模式。這種模式的主要特征有三點：一是一年四季的通風量相差巨大，在不同的地域夏季和冬季的通風量比值能達到20-40倍；第二是特征是多點多階段通風，在側墻和山墻都有負壓風機，根據設定分級啟動；第三個特征是大規格風機(48"-54")應用較多。這幾點與目前豬舍凈化設備要求的不使用大直徑風機(正壓系統）、集中通風、風量變化幅度?。昶骄髁颗c最大流量比值最大不超過48%）等使用條件相差甚遠。
歐洲在本世紀初就開始逐步減少能源消耗較高的聯合通風，采用了能耗較少精準通風模式，從而有效的和排氣凈化設備結合在一起，并發展形成了現在的多單元豬舍集中通風模式（置換通風+中央風道），參見“梅里亞”推薦閱讀【環境與設施】垂直置換通風技術在豬舍中的應用。因此在歐洲已經設置了排氣凈化裝置的豬舍基本上都采用精準小風量通風模式和集中通風模式。設備的處理量冬夏季相差不大，相對來說設備體積較小，運行成本相對較低。
還有一個是地溝風機的問題，行業內人士一直對此褒貶不一。但從排氣凈化的角度出發，使用地溝風機是不恰當的。國外有確切的研究資料表明，采用地溝風機明顯增加了地溝內部表面的空氣流動速度，進而加快了水分蒸發，加大有害氣體排放的量，造成有害氣體的濕度大 ,濃度高，使處理設備負荷增加，凈化效果下降。這不僅包括冬季使用的地溝風機，也包括全年采用地溝排風的通風系統。
因而，通風方式是我國當前豬舍升級改造豬舍排氣凈化設備的最大障礙。
