水資源利用率低，浪費了水
目前中國大多數豬場的清洗工作都是使用流量大、低壓力的沖擊式沖洗方式，這種沖洗方式主要依靠水流來清洗，這樣的清洗方式有很多弊端：由于出水量大，會產生大量的污水，因為壓力小所以需要反復清洗，增加了工作量，浪費了工作時間，并且這樣一來污水會更多，同時污水處理成本也變大了，如果可以將這些污水過濾重新利用則可以提高水的利用率。
細節問題注意不到
可能我們在清洗豬場的時候，往往會更注重表面工作，實際上打開覆蓋物，會發現我們的工作還差很多，有效清洗是一個需要細心注重過程的活，在清洗過程中我們需要將可以移動的和可以打開的都全部暴露出來，進行仔細清洗，因為，這些我們容易忽略的地方是最容易滋生病菌，和遺留病菌，比如產房保溫箱中的地板要翻開，不能移動部位的每個零部位都要清洗到位，因為一些不容易引起注意的地方做不好清潔工作極易造成極大的隱患。
消毒劑選擇不合理
很多豬場使用醛類及過氧乙酸消毒劑給豬舍用來噴霧消毒，這是錯誤的，因為這些消毒劑刺激性強，容易造成豬群黏膜損傷，激發豬群的呼吸道系統疾病，還有某些豬場選擇廉價低質消毒劑，這也是不好的。
清洗消毒不科學，沒有標準
清洗工作以清洗干凈為標準是我們認識上的一個誤區，沒有清洗標準程序和清洗后如何有效的評價手段，使我們的工作更加形式化，正規的評價機制應該是選擇幾個有重要評價意義的指標，然后在清洗后對這幾個做微生物配養，以微生物的培養結果來作為標準會更加科學。
犧牲了安全保障的清洗
常規的清洗消毒中，往往是水流滿地，電線水中拉，人員時不時地要接觸或靠近清洗的清洗機，這樣會讓清洗工作變成豬場中工作人員最不愿意進行的工作，在實際中，人員觸電傷亡的事情時有發生，這對豬場和家庭都是極大的傷害。
依賴單一品種的消毒劑
當豬場長期使用單一品種的消毒劑，就會造成某些該消毒劑不敏感的病原微生物存在，并且其他敏感的病原也可能會發生變異，時間長了慢慢的會產生免疫力，長此以往，消毒效果就如同隔靴撓癢，起不到作用。
